Când un organism misterios extraterestru o ia pe dr. Jennifer Keller ca gazdă, dr. Carson Beckett, recent reînviat și echipajul caută cu disperare un ser care să o salveze de intrusul în evoluție înainte de a se putea infiltra în Atlantida. Între timp, Richard Woolsey se alătură oficial echipei, fiind ales ca înlocuitor al colonelului Samantha Carter pentru a conduce expediția Atlantidei.