Dr. Daniel Jackson ajunge în Atlantida pentru a investiga un laborator ascuns lăsat în urmă de omul de știință străvechi Janus. Descoperirea lor a atras atenția unui grup misterios de extratereștri, care se infiltrează în oraș. Între timp, „Todd” și o delegație ajung pe Daedalus pentru a aduce terapia genică a Dr. Jennifer Keller.