Emiya Shirou este un tânăr magus care frecventează Academia Homurahara din orașul Fuyuki. La o zi după ce a curățat Dojo-ul cu Arcul din școala sa, el vede o luptă între ființele supraumane și se implică în Războiul Sfântului Graal, un ritual în care magii numiți Maeștri se luptă între ei cu slujitorii lor pentru a câștiga Sfântul Graal. Shirou se alătură luptei pentru a opri un malefic să câștige Graalul și pentru a salva oameni nevinovați, dar totul merge prost când un misterios „Shadow” începe să omoare indiscriminat oameni în Fuyuki …