La patruzeci și doi de ani de la prima sa vizită la Tokyo, Mothra se întoarce pentru a avertiza omenirea că trebuie să se întoarcă pe Mechagodzilla, împreună cu oasele lui Godzilla, la mare, pentru că morții nu trebuie tulburați. Dacă nu, vor urma consecințe grave. Cu toate acestea, Godzilla este din nou pe pământ, iar Mechagodzilla este singura apărare a Japoniei.